Le Traité de Lisbonne est entré en vigueur au 1er décembre 2009, malgré la résistance des peuples. Cette entrée en vigueur a été saluée le jour même par la conférence des évêques catholiques qui organise la représentation directe de l'Église romaine auprès de l'Union Européenne (COMECE) par un communiqué dont l'objectif programmatique était assez clair :« Outre la réforme des institutions de l'UE, le Traité introduit dans le droit primaire de l'UE un article très important pour les Églises. Par l'article 17 du Traité sur le fonctionnement de l'UE, l'UE reconnaît l'identité et la contribution spécifique des Églises et mène avec elles, sur cette base, un dialogue "ouvert, transparent et régulier (...)". La COMECE fera prochainement avec ses partenaires de la KEK (Conférence des Églises européennes) des propositions concrètes à la Commission européenne, au Parlement européen et au Conseil afin d'ancrer ce dialogue dans une pratique institutionnelle régulière » (Communiqué de la COMECE du 1° décembre 2009)
En d'autres termes, il s'agit d'être directement associée à la maîtrise des leviers de commande et non plus seulement consultée.
Autrement dit, l'Église romaine revendique effectivement la place que lui reconnaissait implicitement l'adoption du principe de subsidiarité, défini par les encycliques papales, comme principe fondateur de l'Union européenne.
Il s'agit bien de faire reconnaître l'application de l'article 17, non seulement au niveau de la Commission (ce qui existait déjà, grâce à Jacques Delors, à travers le BEPA : Bureau des conseillers de politique européenne), mais auprès du Parlement européen et surtout du Conseil c'est-à-dire au niveau politique le plus élevé.
LA COMECE réunira son assemblée générale de printemps du 14 au 16 avril 2010 pour préciser publiquement ses exigences.
Pour sa part, la Fédération Nationale de la Libre Pensée considère que l'objectif qui vient d'être ouvertement énoncé constitue effectivement une nouvelle menace pour la liberté de conscience et les libertés individuelles. Elle insiste sur l'importante production du lobby clérical tant en matière de propositions de bioéthique que de normes favorisant la présence institutionnelle des religions ou restreignant la liberté de critique à leur égard.
À une heure où les peuples souffrent sous le joug des diktats de la Banque Centrale européenne qui impose restrictions et destruction des services publics et des conquêtes sociales, les Églises réclament toute leur place aux commandes de l'Union Européenne pour proposer la charité en lieu et place des droits détruits.
La Fédération Nationale de la Libre Pensée considère que c'est seulement en s'appuyant sur la résistance des citoyens et des peuples que l'on peut défendre et reconquérir la laïcité et la séparation des Églises et des États contre le Traité de Lisbonne, conte l'Europe vaticane.
